VÚS je zaměřen na epidemiologické studium orálních onemocnění, zejména zubního kazu a parodontitidy, na hodnocení systému stomatologické péče, na klinický a laboratorní výzkum vztahu orálních a některých celkových onemocnění (diabetes, renální insuficience, ateroskleroza, kardiovaskulární onemocnění), zejména z pohledu orální mikrobiologie a imunologie a z pohledu rizika zátěže těžkými kovy používanými ve stomatologii.

VÚS se dále zabývá antropologickým výzkumem čelistně-zubního systému s aplikacemi digitálních 3D zobrazovacích metod, výzkumem fyzikálních a mechanických vlastností dentálních materiálů používaných v moderních ošetřovacích technologiích, neinvazivní diagnostikou počínající kazivé léze a technikami minimální intervenční stomatologie.

VÚS zajišťuje postgraduální vědeckou výchovu PDSB pro interní i kombinované studium v oborech Imunologie, Mikrobiologie, Preventivní lékařství a Biomechanika svojí laboratorní a klinickou základnou a vlastními školiteli v uvedených oborech. VÚS zajišťuje kurzy celoživotního vzdělávání zubních lékařů i zubních sester.

VÚS zajišťuje pro VFN funkci funkci Certifikačního orgánu pro dentální výrobky č. 3114 provádění certifikačních činností dle zákona č. 22/1997 Sb. ve znění pozdějších předpisů.